Zipaquirá cuenta con un gran número de instituciones educativas, así mismo la ciudad a servido como punto de encuentro de varias instituciones educativas para realizar eventos culturales, sociales y deportivos, entre sus mejores instituciones destacamos:
Colegio Campestre Exploradores Del Saber Zipaquira
Institución Educativa San Juan Bautista de La Salle.
Instituto Técnico Luis Orjuela
Liceo Integrado de Zipaquirá
Colegio de la Presentación.
Colegio Francisco Jose de Caldas
Colegio Santiago Pérez.
Instituto Técnico Industrial
Instituto Quevedo Zornosa.
Colegio Departamental de Cundinamarca.
Gimnasio Campestre Santa Sofía.
Liceo Católico Bilingue.

centro educativo decroly
Colegio San Luis.
Colegio bilingÜe San Francisco de Asís.
Colegio Sagrado Corazón de Jesús.
Colegio Divino Niño.
Colegio Douglas Brown de Zipaquirá
Colegio Buenaventura Jauregui
Liceo Catedral High School
Liceo Roberto Mac-Douall
Douglas Brown
Institución Educativa Municipal Manuel José Cárdenas Rojas ( Megacolegio)
Cuenta también con tres Instituciones en el área Rural:
* I.E.M.  San Jorge
* I.E.M.  La Granja
* I.E.M.  Río Frío: La cual posee seis  sedes  anexas, Sede Alto del águila, San Isidro, Venta largar, Empalizado, Páramo de  Guerrero               Oriental  y Páramo  de Guerrero  Occidental.
 

Universidades
La ciudad actualmente cuenta con varias universidades, entre ellas se encuentran:
Universidad Pública de Zipaquirá.
Universidad Abierta y a Distancia U.N.A.D.
Universidad Uniminuto.
Fundación Universitaria San Martín CAT Zipaquirá.
Universidad de Cundinamarca.
Universidad de San Martín.
Instituto CERES
Educación Técnica SENA