Zipaquirá tiene en su parte norte un lago, al que se le llama Pantano Redondo, del cual nacen 3 quebradas, que van a desembocar al Río Bogotá que pasa por la sección oriental de la ciudad. Los principales Ríos de Zipaquirá son: el río Neusa, Frío, Tibitó, Juratena, Alizal, Versalles, Quiroga, Pescadero, La Calera, Los Coclíes y el Tejar. En la cordillera occidental, nacen importantes quebradas de poco caudal, las más importantes de la ciudad son: Quebrada Honda, Del Mortiño, Los Laureles, Chitagá, La Amarilla, La Toma y Susagua, Pantano largo, El Carrizal, Rodamontal, la Arteza, El Rionegro o Tosagua, El Tejar o Uricia, El Hornillo, El Gavilán o Chitagua, Aguaclara, Guabal, la Colorada y el Salitre.